Bolsa de TT-III em Bioinformática
Level 3-Technical Training Fellowship in Bioinformatics
Nº: 2269
Área de conhecimento: Biologia Geral
Field of knowledge: General biology
Nº do processo FAPESP: 2014/27198-8
FAPESP process: 2014/27198-8
Título do projeto: Estabelecimento de um Centro de Pesquisa Genética e Molecular para Desafios Clínicos
Project title: Establishment of a Center of Genetic and Molecular Research for Clinical Challenges
Área de atuação: Bioinformática
Working area: Bioinformatics
Quantidade de vagas: 1
Number of places: 1
Pesquisador responsável: João Bosco Pesquero
Principal investigator: João Bosco Pesquero
Unidade/Instituição: Universidade Federal de São Paulo
Unit/Instituition: Universidade Federal de São Paulo
Data limite para inscrições: 31/08/2018
Deadline for submissions: 2018-08-31
Publicado em: 01/08/2018
Publishing date: 2018-08-01
Localização: Rua Pedro de Toledo, 669 - 9.º andar - Vila Clementino, São Paulo
Locale: Rua Pedro de Toledo, 669 - 9.º andar - Vila Clementino, São Paulo
E-mail para inscrições: jbpesquero@gmail.com
E-mail for proposal submission: jbpesquero@gmail.com
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Resumo
Summary
A bolsa TT-3 aprovada no projeto temático Processo FAPESP 2014/27198-8 consistirá em treinamento técnico em análise e interpretação de Sequenciamentos de Nova Geração, sob a supervisão do Prof. Dr. João Bosco Pesquero do Departamento de Biofísica da EPM-UNIFESP.
As atividades a seguir serão desenvolvidas ao longo do treinamento de 24 meses:
• Montagem e alinhamento de sequências obtidas através de NGS no genoma de referência HG19;
• Chamada de variantes a partir das sequências alinhadas;
• Análise de cobertura das regiões sequenciadas;
• Visualização e análise de variantes através do IGV (Integrative Genomics Viewer);
• Anotação de variantes utilizando o software Annovar;
• Análise e classificação de variantes com base na metodologia especificada pelo ACMG (American College of Medical Genetics and Genomics).The TT3 fellowship approved on thematic project #2014/27198-8 (granted by the Sao Paulo Research Foundation -- FAPESP) will be addressed to technical training in analysis and interpretation of Next Generation Sequencing data, under supervision of Prof. Dr. João Bosco Pesquero at the Biophysics Department of the Federal University of Sao Paulo's School of Medicine -- EPM/UNIFESP.
The following activities will be addressed throughout 24 months training program:
• Alignment of NGS sequences on HG19 reference genome;
• Variant calling based on aligned sequences;
• Sequencing Coverage analysis;
• IGV (Integrated Genomics Viewer) analysis;
• Variant annotation with Annovar;
• Variant analysis and classification based on ACMG (American College of Medical Genetics and Genomics) guidelines.
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