Bolsa de TT-IV-A em Tecnologia da Informação

Level 4A-Technical Training Fellowship in Information Technology

Nº: 2031

Área de conhecimento: Ciência da Computação

Field of knowledge: Computer science

Nº do processo FAPESP: 2016/23218-0

FAPESP process: 2016/23218-0

Título do projeto: Centro de Pesquisa em Genômica Aplicada às Mudanças Climáticas

Project title: The Genomics for Climate Change Research Center

Área de atuação: Tecnologia da Informação

Working area: Information Technology

Quantidade de vagas: 1

Number of places: 1

Pesquisador principal: Paulo Arruda

Principal investigator: Paulo Arruda

Unidade/Instituição: CBMEG/UNICAMP

Unit/Instituition: CBMEG/UNICAMP

Data limite para inscrições: 21/04/2018

Deadline for submissions: 2018-04-21

Publicado em: 21/03/2018

Publishing date: 2018-03-21

Localização: Avenida Cândido Rondon, 400 - Cidade Universitária – CAMPINAS, Campinas

Locale: Avenida Cândido Rondon, 400 - Cidade Universitária – CAMPINAS, Campinas

E-mail para inscrições: vagas.gccrc@unicamp.br

E-mail for proposal submission: vagas.gccrc@unicamp.br

  • Resumo Summary

    O Centro de Genômica Aplicada às Mudanças Climáticas Globais (GCCRC) é uma iniciativa de pesquisa conjunta entre a Embrapa e a Unicamp,  co-financiada pela FAPESP, cujo objetivo principal é a adaptação genética de espécies vegetais aos estresses impostos pelas mudanças climáticas globais. O GCCRC opera com base em um pipeline de biotecnologia agrícola que se concentra na criação de ativos que serão transferidos para a sociedade e o setor agrícola. O pipeline do GCCRC abrange várias fases, desde a identificação de genes candidatos até a prova de conceito em condições de pesquisa de campo, e aproveita a forte rede internacional de colaboradores, entre eles parceiros acadêmicos e privados.

    A operação completa do GCCRC será suportada pela Equipe de Tecnologia da Informação, que irá construir e executar o datacenter para computação de alto desempenho (HPC). Para aumentar a capacidade de computação do GCCRC, vamos configurar um cluster de servidores para armazenar e processar os dados gerados pelo pipeline. Isso nos permitirá manter as áreas-chave do pipeline em constante funcionamento, particularmente as atividades relacionadas à bioinformática, como montagem do genoma, análises transcriptômicas, etc.

    O GCCRC busca um candidato com formação em ciências da computação ou tecnologia da informação com conhecimento sobre banco de dados e linguagem de programação.

    Qualificações Básicas 

    • Experiência na administração de sistemas Linux (por exemplo, instalação de software a partir de código fonte e uso de gerenciadores de repositórios) e infraestrutura de HPC (hardware e software);
    • Habilidades de script (por exemplo, bash, perl, python) e de programação (por exemplo, c ++, java);
    • Conhecimento básico e interesse demonstrado em biologia molecular serão considerados um plus. 

    The Genomics for Climate Change Research Center (GCCRC) is a joint research initiative between EMBRAPA and UNICAMP, co-financed by FAPESP, whose main objective is the genetic adaptation of plant species to the stresses imposed by global climate change. The GCCRC operates based on an agricultural biotechnology pipeline that focuses on creating assets that will be transferred to society and the agricultural sector. The GCCRC pipeline covers several phases, from identifying candidate genes to proof of concept in field research conditions, and leverages the strong international network of collaborators, including academic and private partners.

    The full GCCRC operation will be supported by the Information Technology Team, which will build and run the datacenter for high performance computing (HPC). To increase the computing capacity of the GCCRC, we will configure a server cluster to store and process the data generated by the pipeline. This will allow us to keep the key areas of the pipeline in constant operation, particularly activities related to bioinformatics, such as genome assembly, transcriptomic analysis, etc.

    The GCCRC seeks a candidate with a background in computer science or information technology with knowledge on database and programming language.

    Basic Qualifications 

    • Experience in the administration of Linux systems (e.g., installation of software from source code and using repository managers) and HPC infrastructure (hardware and software);
    • Scripting (e.g., bash, perl, python) and programming skills (e.g., c++, java);
    • Basic knowledge and demonstrated interest on molecular biology will be considered a plus.