Bolsa de PD em Bioinformática

Post-doctoral Fellowship in Bioinformatics

Nº: 2849

Área de conhecimento: Biologia Geral

Field of knowledge: General biology

Nº do processo FAPESP: 2014/50315-0

FAPESP process: 2014/50315-0

Título do projeto: Leishmanioses na América Latina: uma perspectiva avançada sobre fatores imunopatogenéticos da infecção cutânea e visceral

Project title: Leishmaniasis in Latin America: An Advanced Perspective on Immunopathogenic Factors of Cutaneous and Visceral Infection

Área de atuação: Bioinformática

Working area: Bioinformatics

Quantidade de vagas: 1

Number of places: 1

Pesquisador principal: Carlos Eduardo Pereira Corbett

Principal investigator: Carlos Eduardo Pereira Corbett

Unidade/Instituição: Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo

Unit/Instituition: Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo

Data limite para inscrições: 31/05/2019

Deadline for submissions: 2019-05-31

Publicado em: 06/05/2019

Publishing date: 2019-05-06

Localização: Av. Dr. Arnaldo, 455 sala 1209, Cerqueira César, São Paulo

Locale: Av. Dr. Arnaldo, 455 sala 1209, Cerqueira César, São Paulo

E-mail para inscrições: ccorbett@usp.br

E-mail for proposal submission: ccorbett@usp.br

  • Resumo Summary

    Uma Bolsa de Pós-Doutorado da FAPESP está disponível para o Projeto Temático “Leishmanioses na América Latina: uma perspectiva avançada sobre fatores imunopatogenéticos da infecção cutânea e visceral”, conduzido no Departamento de Patologia da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (FM-USP). O prazo de inscrição termina em 31 de maio de 2019. 

    O bolsista participará da análise da expressão gênica de indivíduos com infecção cutânea e visceral causadas por Leishmania sp. 

    Responsabilidades:

    O candidato aprovado desempenhará um papel de liderança na análise de dados, que inclui a integração de dados ômicos e o desenvolvimento de modelos preditivos e hipóteses testáveis. 

    As responsabilidades específicas incluem:

    • Desenvolvimento de protocolos de análise para conjuntos de dados internos e públicos de expressões gênicas da plataforma RNA-Seq ou Microarray;

    • Desenvolvimento ou adaptação de ferramentas e scripts R para atender às necessidades do projeto;

    • Liderar a análise, ou gerenciar analistas através de protocolos de análises desenvolvidos;

    • Ser um líder de equipe e colaborar com uma equipe multidisciplinar para gerenciar um grupo de pesquisa em bioinformática. 

    Além disso, o candidato aprovado irá liderar os esforços no gerenciamento de dados e na manutenção de uma infraestrutura Linux de bioinformática. O trabalho envolverá a construção e manutenção de bancos de dados, a implantação de ferramentas de hardware e software, e a colaboração com membros de equipes multidisciplinares. 

    Requisitos:

    • O candidato deve possuir doutorado, com qualificação na área de Bioinformática, concluído há pelo menos 2 anos. Experiência comprovada em análise transcriptômica/biologia de sistemas, em tripanossomatídeos e na resposta imune do hospedeiro nas doenças infecciosas. Experiência com o trabalho em um ambiente Linux/Unix, com bancos de dados relacionais, fluência na linguagem de programação R e no uso de repositórios github são necessários;

    • Espera-se que os candidatos tenham familiaridade com ferramentas bioinformáticas de código aberto/comerciais e bancos de dados biológicos, especialmente para análise de vias e redes. Além disso, os candidatos devem ter a capacidade de trabalhar de forma independente;

    • Liderança em gerenciamento de projetos e experiência em experimentação biológica (bancada) como cultivo celular (cultura primária e secundária), imunoensaios, biologia molecular e preparação de bibliotecas de sequenciamento de nova geração Illumina são altamente desejáveis. Forte conhecimento em estatística, experiência com aprendizado de máquina e modelagem preditiva são necessárias;

    • Excelente atenção aos detalhes e habilidades organizacionais. O candidato deve ter a capacidade de trabalhar em um ambiente interdisciplinar, bem como a capacidade de discutir questões e fornecer soluções para cientistas com diferentes formações. Excelente habilidade de comunicação verbal e escrita. 

    A inscrição deve ser feita via e-mail, enviando carta de apresentação, Curriculum Vitae ou Currículo Lattes e duas cartas de recomendações para o coordenador do projeto, o professor Carlos Eduardo Pereira Corbett (ccorbett@usp.br), até dia 31 de maio de 2019. 

    A oportunidade de pós-doutorado está aberta a brasileiros e estrangeiros. O selecionado receberá Bolsa de Pós-Doutorado da FAPESP no valor de R$ 7.373,10 mensais e Reserva Técnica equivalente a 15% do valor anual da bolsa para atender a despesas imprevistas e diretamente relacionadas à atividade de pesquisa. 

    A post-doctoral fellowship is available for the Thematic Project "Leishmaniasis in Latin America: An Advanced Perspective on Immunopathogenic Factors of Cutaneous and Visceral Infection," conducted at the Department of Pathology, University of São Paulo's School of Medicine (FM-USP). The application period ends on May 31, 2019. 

    The participant will participate in the analysis of the gene expression of individuals with cutaneous and visceral infections caused by Leishmania sp. 

    Responsabilities:

    The successful candidates will play a leading role in data analysis, which includes integrating omics data and developing predictive models and testable hypotheses.

    The specific responsibilities include:

    - Development of analysis protocols for in-house, and public gene-expression datasets from RNA-Seq or Microarray platform;

    - Development or adaptation of software tools and R scripts to meet project needs;

    - Leading the analysis, or managing the analysts through developed protocols;

    - Being a team leader, and collaborating with a multi-disciplinary team to manage a bioinformatics research group.

    In addition, the successful applicants will lead efforts in data management and maintaining a bioinformatic Linux infrastructure. The job duty will involve database construction and maintenance, deployment of hardware and software tools, and collaboration with multi-disciplinary team members. 

    Requirements:

    - The applicant should have a Ph.D. concluded at least 2 years ago in the field of Bioinformatics. Demonstrated experience in transcriptomic / system biology analysis, Trypanosomatids and host immune response applied to infectious diseases is required. Experience with working in a Linux/Unix environment, with relational databases, fluency in R programming language and use github repositories are required;

    - Candidates are expected to have familiarity of open-source / commercial bioinformatic tools and biological databases, especially for pathway and network analyses. Also, applicants must have the ability to work independently;

    - Research novelty, leadership in project management and experience in wet lab, molecular and cellular biology are highly desirable. Strong statistics knowledge, experience in machine learning and predictive modeling are required;

    - Applicant must have the ability to work in a interdisciplinary team environment, as well as the ability to discuss issues and provide solutions to scientists with different backgrounds. Excellent verbal and written communication skills.

    Application, documents and dates

    - Applications will be received by email, with documentation sent to the coordinator of the project, Professor Carlos Eduardo Pereira Corbett (ccorbett@usp.br), until May 31, 2019.

    The documents required for registration are: Curriculum vitae or Curriculum Lattes; letter of presentation indicating reasons for applying for the Postdoctoral Fellowship; two letters of recommendation.

    The post-doctoral opportunity is open to brazilians and foreigners. The selected candidate will receive FAPESP's Post-Doctoral Fellowship in the amount of R $ 7,373.10 per month and Technical Reserve equivalent to 15% of the annual value of the scholarship for expenses directly related to the research activity.