Bolsa de PD em Bioinformática

Post-doctoral Fellowship in Bioinformatic

Nº: 1734

Área de conhecimento: Ciência da Informação

Field of knowledge: Information Science

Nº do processo FAPESP: 2014/20341-0

FAPESP process: 2014/20341-0

Título do projeto: Projeto Temático: Interação entre alvos terapêuticos emergentes e vias de desenvolvimento associadas à tumorigênese: ênfase em neoplasias da criança e do adolescente

Project title: Thematic Project: “Interactions between emerging therapeutic targets and developmental pathways associated with tumorigenesis: emphasis on pediatric malignancies”

Área de atuação: Bioinformática

Working area: Bioinformatic

Quantidade de vagas: 1

Number of places: 1

Pesquisador principal: Luiz Gonzaga Tone

Principal investigator: Luiz Gonzaga Tone

Unidade/Instituição: Departamento de Puericultura e Pediatria – Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto / Universidade de São Paulo (USP)

Unit/Instituition: Departamento de Puericultura e Pediatria – Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto / Universidade de São Paulo (USP)

Data limite para inscrições: 16/09/2017

Deadline for submissions: 2017-09-16

Publicado em: 01/09/2017

Publishing date: 2017-09-01

Localização: Hospital das Clínicas - FMRP/USP Av. Bandeirantes 3900. Ribeirão Preto/SP - Brasil

Locale: Hospital das Clínicas - FMRP/USP Av. Bandeirantes 3900. Ribeirão Preto/SP - Brasil

E-mail para inscrições: rosane@fmrp.usp.br

E-mail for proposal submission: rosane@fmrp.usp.br

  • Resumo Summary

    A Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo em Ribeirão Preto está buscando candidatos para uma vaga de Pós-Doutorado, jornada integral, para atuar na área de bioinformática com dados de RNAseq de tumores pediátricos, como parte de um projeto temático financiado pela Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - FAPESP.

    A biologia das neoplasias pediátricas está intrinsicamente associada com a desregulação das vias de sinalização que controlam o desenvolvimento embrionário normal. Entre estas vias estão a WNT, a SHH, a NOTCH, e TGF-beta, as quais também desempenham papel importante na carcinogênese e estão envolvidas nos processos de quimio- e radio-resistência tumoral. O estudo destas vias dentro do contexto da biologia das neoplasias pediátricas pode constituir um novo campo na identificação de genes alvos e na compreensão dos efeitos de longo prazo causado pelas diferentes modalidades de tratamento dos tumores infantis. Assim, este projeto tem como objetivo inicial a identificação de redes de coexpressão associadas com módulos transcricionais das vias de desenvolvimento acima citadas em diferentes tumores pediátricos (meduloblastoma, ependimoma e tumor adrenocortical).

    O pós-doutorando contratado irá desenvolver estudo in silico a partir dos dados de RNAseq dos tumores pediátricos meduloblastoma, ependimoma e tumor adrenocortical com o objetivo de analisar e construir paneis gênicos das vias de desenvolvimento que sejam comuns aos tumores pediátricos investigados para tomada de decisão no prognóstico. Além disso, o pós-doutorando irá colaborar com os demais subprojetos relacionados com o Projeto Temático e contribuir com a coorientação de alunos de mestrado e doutorado.

    Esta oportunidade está aberta a candidatos de qualquer nacionalidade. O candidato selecionado receberá uma bolsa de pós-doutorado da FAPESP no valor de R$ 7.174,80 mensalmente por dois anos, com a opção de extensão e reserva técnica para pesquisa, equivalente a 15% do valor anual da bolsa que deve ser gasto em itens diretamente relacionados à atividade de pesquisa.

    Habilidades e experiência:

    Os candidatos devem ter um diploma recente de doutorado em Ciências ou áreas afins, além de experiência (comprovada) em análise de dados de RNAseq pelo software/linguagem “R”, familiaridade com banco de dados e desenvolvimento de software. Será dada prioridade aos candidatos com experiência internacional (estágio de pesquisa em outros países) e que tenham nível avançado de inglês. Nós estamos procurando um pesquisador proativo e criativo com a capacidade de dar suporte ao grupo e realizar experimentos de forma independente.

    Inscrições:

    Os candidatos interessados tem até 16 de setembro para enviar um e-mail à Dra. Rosane Queiroz (rosane@fmrp.usp.br), inserindo o título "Bolsa de pós-doutorado em bioinformática" no assunto da mensagem, com os seguintes documentos:

    1 - Carta de apresentação, indicando a razão do interesse na vaga e breve relato da experiência na área de estudo relacionada ao Projeto Temático;

    2 – Curricullum Vitae resumido (para estrangeiros) ou Currículo Lattes (para Brasileiros);

    3 - Nomes e contatos de duas pessoas como referência. 

    The Ribeirão Preto Medical School at University of São Paulo (Ribeirão Preto, southeast Brazil) is seeking applicants for a full-time Post-doctoral position to develop a study in the bioinformatic area with RNAseq data of pediatric tumors, as part of a thematic project funded by Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo-FAPESP.

    The biology of pediatric tumors is intrinsically associated with dysregulation of signaling pathways that control normal embryonic development. Among these pathways there are the WNT, SHH, Notch and TGF-beta, which also play an important role in carcinogenesis and are involved in tumor chemo-and radio-resistance. The study of these pathways in the context of the biology of pediatric tumors may constitute a new field for the identification of target genes and for understanding of the long-term effects caused by the different treatment modalities of infant tumors. Thus, this project aims to identify co-expression networks associated with the transcriptional modules of the above-mentioned pathways in different pediatric tumors (medulloblastoma, ependymoma and adrenocortical tumor).

    The post-doctoral fellow will develop a in silico study with the RNAseq data of the pediatric tumors Medulloblastoma, Ependymoma and Adrenocortical tumor with the aim of analyzing and constructing genetic panels of the developmental pathways common to pediatric tumors investigated for the prognostic decision. Moreover, the post-doctoral will collaborate with other subprojects related to the Thematic Project and to contribute to the coorientation of masters and doctoral students.

    This opportunity is open to candidates of any nationalities. The selected candidate will receive a FAPESP's Post-Doctoral fellowship in the amount of R$ 7.174,80 monthly for two years, with the option to extend, and a research contingency fund, equivalent to 15% of the annual value of the fellowship which should be spent in items directly related to the research activity.

    Required skills and experience:

    Candidates must have a recent PhD degree in Science or related fields and proven experience in RNASeq data analysis using software/language “R”, familiarity with Database and Software Development. Priority shall be given to applicants with international experience (research internship abroad) and advanced English level. We are looking for a proactive and creative researcher with the ability to support the group and conduct experiments independently.

    Registration:

    Applicants should send until September 16th via e-mail (rosane@fmrp.usp.br) the following documents to Rosane Queiroz, PhD (Subject: post-doctoral fellowship in bioinformatic):

    1 - Presentation letter summarizing the reason of interest in the scholarship and previous scientific experience in the area related to the Thematic Project;

    2 – Short Curricullum Vitae (foreign applicants) or “Currículo Lattes” (Brazilians);

    3 - Names and contacts of two references