Bolsa de TT-V em Bioinformática e Física/Biofísica

Level 5-Technical Training Fellowship in Bioinformatics and Physics/Biophysics

Nº: 7762

Área de conhecimento: Ciência da Computação

Field of knowledge: Computer science

Nº do processo FAPESP: 2021/10577-0

FAPESP process: 2021/10577-0

Título do projeto: Aplicação de métodos de inteligência artificial em genômica estrutural comparativa

Project title: Applying artificial inteligence methods in comparative structural genomics

Área de atuação: Bioinformática

Working area: Bioinformatics

Quantidade de vagas: 1

Positions: 1

Pesquisador responsável: Shaker Chuck Farah

Principal investigator: Shaker Chuck Farah

Unidade/Instituição: Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade de São Paulo (ICB-USP)

Unit/Instituition: Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade de São Paulo (ICB-USP)

Data limite para inscrições: 10/02/2025

Deadline for submissions: 2025-02-10

Publicado em: 24/01/2025

Publishing date: 2025-01-24

Localização: Av. Prof. Lineu Prestes, 1374 (ICB II), São Paulo

Locale: Av. Prof. Lineu Prestes, 1374 (ICB II), São Paulo

E-mail para inscrições: cepid-b3@iq.usp.br

E-mail for proposal submission: cepid-b3@iq.usp.br

  • Resumo

    Vaga para bolsista Treinamento Técnico nível cinco (TT-V) no Centro de Pesquisa em Biologia de Bactérias e Bacteriófagos (CEPID B3), no Instituto de Ciências Biomédicas (ICB-USP), sob supervisão da Profª Cristiane Guzzo. O bolsista irá:

    - Instalar softwares de predição de estrutura tridimensional de proteínas, ajustando-os e adaptando-os para atender demandas elevadas;

    - Aperfeiçoar nossa biblioteca Python de pipelines de análise de genômica comparativa, expandindo o uso de métodos de inteligência artificial;

    - Desenvolver rotinas para integração dos métodos de aprendizado profundo e várias técnicas de agrupamento baseadas em similaridade de sequências e estruturas;

    - Implementar novas interfaces web para os componentes da biblioteca de contexto genômico;

    - Conectar os resultados de contexto genômico a um banco de dados SQL;

    - Otimizar a paralelização desses pipelines.

    Requisitos:

    - Doutorado em bioinformática, ciência de dados/computação, física/biofísica, estatística ou em área afins, sempre que envolvendo uso e/ou desenvolvimento de métodos de aprendizado de máquina;

    - Experiência no desenvolvimento de scripts e domínio de linguagens Python, R e/ou C/C++.

    Diferenciais:

    - Experiência no desenvolvimento de algoritmos de análise em bioinformática;

    - Proficiência em métodos análises de dados e estatística.

    Interessados, enviar seu CV, carta de interesse e de recomendação através do formulário: https://encurtador.com.br/Uh4r9.

    Mais informações sobre requisitos e benefícios da Bolsa TT-V FAPESP estão disponíveis em https://fapesp.br/3098 e https://fapesp.br/3162.