Bolsa de PD em Fenotipagem de Imagem e Bioinformática

Post-Doctoral Fellowship in Image Phenotyping and Bioinformatics

• Resumo Summary

  O café é uma commodity agrícola e uma importante fonte de renda para vários países produtores, incluindo o Brasil. A produtividade e a qualidade dos grãos dependem da interação entre diversos fatores, como as características genéticas das cultivares das plantas, condições ambientais, técnicas de manejo e tecnologias aplicadas desde o início do desenvolvimento até a produção da bebida. Cada fator e suas complexas interações contribuem para a produção de inúmeros compostos e neste projeto, pretendemos entender tais relações utilizando a Internet das Coisas para processar dados e encontrar padrões relacionados à maior qualidade da bebida “na xícara”. Portanto, neste projeto procuramos um candidato para desempenhar as seguintes atividades:

  - Obtenção de imagens digitais de folhas, flores e frutos;

  - Desenvolvimento de software relacionado à análise de imagens de grãos e frutas (análises fenotípicas quantitativas e qualitativas);

  - Noções avançadas de métodos estatísticos para análise de dados (pacote R);

  - Noções de bioinformática para análise genômica e transcriptômica a partir de bibliotecas RNAseq (anotação de genomas, análise e expressão gênica, redes regulatórias gênicas, etc.);

  - Participação na formação e projetos de alunos de pós-graduação;

  - Discussão de dados e redação de relatórios, patentes e artigos científicos.

  Mais informações em: https://drive.google.com/file/d/12vuvjABpVU94yzmwR4yI9kDOv7Tc9jOT/view?usp=sharing.

  A vaga está aberta a brasileiros e estrangeiros. O selecionado receberá Bolsa de Pós-Doutorado da FAPESP no valor de R$ 8.479,20 mensais e Reserva Técnica equivalente a 10% do valor anual da bolsa para atender a despesas imprevistas e diretamente relacionadas à atividade de pesquisa.

  Coffee is an agricultural commodity and an important source of income for several producing countries, including Brazil. Grain productivity and quality depend on the interaction among several factors, such as the genetic characteristics of the plant cultivars, environmental conditions, management techniques and technologies that are applied from the beginning of development to the beverage production. Each factor and its complex interactions contribute to the production of numerous compounds and in this project, we intend to understand such relationships using the Internet of Things to process data and find patterns related to the highest quality of the drink "in the cup". The project is based in the Federal University of Lavras in Minas Gerais state, Brazil.

  Therefore, in this project we are looking for a candidate to perform the following activities:

  - Obtaining digital images of leaves, flowers and fruits;

  - Development of software related to the analysis of grain and fruit images (quantitative and qualitative phenotypic analyses);

  - Advanced notions of statistical methods for data analysis (R package);

  - Notions of bioinformatics for genomic and transcriptomic analysis from RNAseq libraries (Annotation of genomes, analysis and gene expression, gene regulatory networks, etc.);

  - Participation in the training and projects of graduate students;

  - Discussion of data and writing of reports, patents and scientific articles.

  More information at: https://drive.google.com/file/d/12vuvjABpVU94yzmwR4yI9kDOv7Tc9jOT/view?usp=sharing.

  This opportunity is open to candidates of any nationality. The selected candidate will receive a Post-Doctoral fellowship from the São Paulo Research Foundation (FAPESP) in the amount of R$ 8,479.20 monthly and a research contingency fund, equivalent to 10% of the annual value of the fellowship which should be spent in items directly related to the research activity.