Bolsa de PD em Química, Bioquímica e Biofísica Computacionais

Post-Doctoral Fellowship in Computational Chemistry, Biochemistry and Biophysics

• Atividades e contexto Activities and context

  Investigar mecanismos de acoplamento energético e inibição nos Complexos Respiratórios I, II e III. Para o Complexo I, determinar como estados de protonação de resíduos catalíticos são modulados pela ocupação e estado redox do substrato, desvendando vias de transporte de prótons. Para os Complexos II e III, mapear interações de inibidores usados como defensivos agrícolas e detalhar molecularmente sua potência, seletividade e mecanismos de resistência. Técnicas empregadas: dinâmica molecular clássica, metadinâmica, dinâmica a pH constante, simulações híbridas QM/MM e modelos generativos de IA.

  Investigate energy coupling and inhibition mechanisms in Respiratory Complexes I, II, and III. For Complex I, determine how protonation states are modulated by substrate occupancy and redox state, unraveling proton pumping pathways. For Complexes II and III, map interactions of inhibitors used as agricultural pesticides and detail their potency, selectivity, and resistance mechanisms at the molecular level. Techniques employed: Classical molecular dynamics, metadynamics, constant-pH dynamics, hybrid QM/MM simulations, and generative AI models.

• Requisitos obrigatórios Mandatory requirements

  - Doutorado concluído há menos de 7 anos em Química, Física, Biofísica, Bioquímica, Bioinformática ou áreas correlatas;

  - Dedicação em tempo integral para trabalho presencial na cidade de São Paulo;

  - Experiência comprovada em simulações de dinâmica molecular (MD) de biomoléculas, com forte preferência para o pacote GROMACS;

  - Conhecimento sólido sobre estrutura e propriedades de biomoléculas;

  - Capacidade de conduzir pesquisa de forma independente e organizada, assim como de trabalhar em grupo.

  - Ph.D. degree completed within the last 7 years in Chemistry, Physics, Biophysics, Biochemistry, Bioinformatics, or related fields;

  - Full-time dedication for on-site work in the city of São Paulo;

  - Proven experience in molecular dynamics (MD) simulations of biomolecules, with strong preference for the GROMACS package;

  - Solid knowledge of biomolecular structure and properties;

  - Ability to conduct research independently and in an organized manner, as well as to work in a group.

• Requisitos desejáveis Desirable requirements

  - Familiaridade com modelagem de proteínas complexas e/ou de membrana;

  - Experiência prévia com cálculos de química quântica ou simulações com potenciais híbridos QM/MM;

  - Conhecimento em amostragem aumentada (como metadinâmica ou umbrella sampling) e cálculo de energia livre;

  - Experiência com ferramentas de análise de trajetórias e modelos de Markov (MSMs);

  - Redação de textos científicos em inglês.

  - Familiarity with modeling of complex and/or membrane proteins;

  - Previous experience with quantum chemistry calculations or hybrid QM/MM simulations;

  - Knowledge of enhanced sampling methods (such as metadynamics or umbrella sampling) and free energy calculations;

  - Experience with trajectory analysis tools and Markov State Models (MSMs);

  - Scientific writing skills in English.

• Como se candidatar How to apply

  A vaga está aberta a candidatos de qualquer nacionalidade. Interessados devem enviar para o e-mail de inscrições (veja acima), em um único arquivo PDF: a) Carta de motivação (máximo de 1 página) descrevendo experiência, interesse e adequação do candidato à vaga; b) Currículo resumido (preferencialmente no modelo FAPESP) ou currículo Lattes atualizado; c) Comprovante de conclusão do Doutorado; d) Nomes e contatos de duas referências acadêmicas (não é necessário enviar cartas nesta etapa). O assunto do e-mail deverá ser: “Inscrição pós-doc FAPESP”.

  This application is open to candidates of all nationalities. Applicants must submit the following documents merged into a single PDF file to the email indicated above: a) A motivation letter (maximum of 1 page) describing the applicant's experience, interest, and suitability for the position; b) A summary Curriculum Vitae (preferably following the FAPESP model) or an updated Lattes CV; c) Ph.D. degree completion certificate; d) Names and contact information of two academic references (letters are not required at this stage). Email subject should be: “Application for FAPESP postdoc”.