Bolsa de PD em Genômica de Bactérias e Bacteriófagos

Post-Doctoral Fellowship in Bacteria and Bacteriophage Genomics

• Resumo Summary

  O Laboratório de Bioinformática do IQ-USP oferece uma vaga de pós-doutorado para trabalhar no grupo do Prof. João Carlos Setubal (https://www.iq.usp.br/setubal/) investigando as adaptações co-evolutivas em fagos que infectam P. aeruginosa e K. pneumoniae. Este projeto – situado dentro do Centro de Pesquisa, Inovação e Difusão B3 (Biologia de Bactérias e Bacteriófagos), um CEPID apoiado pela FAPESP – envolve a realização de experimentos de coevolução fago-bactéria em múltiplas cepas, identificando SNPs e variações estruturais associadas à adaptação dos fagos.

  Qualificações Requeridas

  • PhD em Bioinformática, Genômica, BioMol ou área relacionada;
  • Sólidos conhecimentos em biologia de bacteriófagos, genômica comparativa, filogenômica e ferramentas de bioinformática;
  • Experiência com montagem de genomas microbianos, anotação e pipelines de detecção de SNP/SV;
  • Proficiência em Python e R;
  • Excelentes habilidades de resolução de problemas e capacidade de trabalhar de forma independente e em equipe.

  Qualificações Desejáveis

  • Conhecimento de técnicas de sequenciamento de DNA;
  • Familiaridade com interações fago-hospedeiro, dinâmicas de “corrida armamentista” evolutiva entre fagos e bactérias, e mecanismos de resistência bacteriana contra fagos.

  Candidaturas

  Enviar CV, com links para Google Scholar, Research ID ou perfil ORCID; uma carta descrevendo os motivos do interesse pela vaga; os nomes de duas pessoas que conhecem o trabalho e a carreira do candidato e que podem fornecer cartas de referência para setubal@iq.usp.br.

  A vaga está aberta a brasileiros e estrangeiros. O selecionado receberá Bolsa de Pós-Doutorado da FAPESP no valor de R$ 12.000,00 mensais e Reserva Técnica equivalente a 10% do valor anual da bolsa para atender a despesas imprevistas e diretamente relacionadas à atividade de pesquisa.

  The Laboratory of Bioinformatics IQ-USP invites applications for a FAPESP-funded post-doctoral position to work at prof. Setubal group (https://www.iq.usp.br/setubal/) to investigate the co-evolutionary adaptations in bacteriophages infecting P. aeruginosa and K. pneumoniae. This project involves conducting phage-bacteria co-evolution experiments across multiple strains, identifying SNPs and structural variations linked to phage adaptation.

  The project is under the aegis of the Research, Innovation and Dissemination Centre B3 (Biology of Bacteria and Bacteriophages), one of the RIDCs supported by the São Paulo Research Foundation (FAPESP) in São Paulo state, Brazil.

  Required Qualifications

  • A Ph.D. in Bioinformatics, Genomics, Molecular Biology, or related field;
  • Strong background in bacteriophage biology, comparative genomics, phylogenomics, and bioinformatics tools for genome analysis;
  • Experience with microbial genome assembly, annotation, and SNP/SV detection pipelines;
  • Proficiency in Python and R;
  • Excellent problem-solving skills and the ability to work both independently and as part of a team.

  Desirable Qualifications

  • Knowledge of DNA sequencing techniques;
  • Familiarity with phage-host interactions, evolutionary “arms race” dynamics in phage and bacteria, and bacterial resistance mechanisms against phages.

  Submit: CV, with links to Google Scholar, Research ID, or ORCID profile; a letter describing the reasons for the interest in this position; the names of two persons who are knowledgeable about the candidate’s work and career and who can provide reference letters to setubal@iq.usp.br.

  This opportunity is open to candidates of any nationality. The selected candidate will receive a FAPESP Post-Doctoral fellowship in the amount of R$ 12,000.00 monthly and a research contingency fund, equivalent to 10% of the annual value of the fellowship which should be spent on items directly related to the research activity.