Bolsa de PD em Biologia Computacional / Genômica Comparativa

Post-Doctoral Fellowship in Computational Biology / Comparative Genomics

• Atividades e contexto Activities and context

  Buscamos um pesquisador de pós-doutorado para investigar a evolução e distribuição de proteínas envolvidas em conflitos entre organismos. Proteínas de imunidade e toxinas têm alta diversidade de sequência e estrutura, dificultando sua detecção por buscas convencionais por homologia. O projeto combinará buscas por homologia remota, filogenética estrutural e análise de vizinhança gênica/redes para mapear loci em linhagens bacterianas. O objetivo é descobrir sistemas toxina-antitoxina e entender como os repertórios de defesa se organizam em diferentes ambientes e sob pressões de conflito.

  We seek a post-doctoral researcher to study the evolution and distribution of proteins involved in inter-organismal conflicts. Immunity proteins and toxins are highly diverse, making them difficult to detect by conventional homology searches. The project will combine remote homology searches, structure-based phylogenetics, and gene-neighborhood/network analysis to map loci across bacterial lineages, discover novel toxin–antitoxin systems, and understand how bacterial defense repertoires are organized across environments and conflict pressures.

• Requisitos obrigatórios Mandatory requirements

  Doutorado em bioinformática, biologia computacional, evolução molecular, genômica, microbiologia, genética ou área relacionada, obtido há no máximo 7 anos antes do início da bolsa; experiência sólida em genômica comparativa em larga escala e/ou análise de sequências e estruturas de proteínas; domínio de scripting/programação (por exemplo, Python) e familiaridade com ambientes Linux/HPC e grandes conjuntos de dados; experiência com filogenética e ferramentas de detecção de homologia; inglês escrito e falado avançado; capacidade de trabalhar de forma independente e colaborativa.

  - PhD in bioinformatics, computational biology, molecular evolution, genomics, microbiology, genetics, or a related field, obtained no more than 7 years before the start of the fellowship;

  - Solid experience in large-scale comparative genomics and/or protein sequence and structure analysis;

  - Proficiency in scripting/programming (e.g. Python) and comfort working in Linux/HPC environments with large datasets;

  - Experience with phylogenetics and homology detection tools;

  - Strong written and spoken English; ability to work independently and collaboratively.

• Requisitos desejáveis Desirable requirements

  Familiaridade com modelos de linguagem de proteínas, deep learning e análise de redes/grafos; experiência com bioinformática estrutural, metagenômica ou análise de elementos genéticos móveis; histórico de publicações em periódicos com revisão por pares.

  - Familiarity with protein language models, deep learning, and network/graph analysis;

  - Experience with structural bioinformatics, metagenomics, or analysis of mobile genetic elements;

  - Track record of peer-reviewed publications.

• Como se candidatar How to apply

  Enviar para cepid-b3@iq.usp.br, com o assunto “Postdoc 1 – Bioinfo – CEPID B3”: 1. Carta de apresentação descrevendo sua experiência e seus interesses de pesquisa; 2. Currículo completo (ou link para o Lattes/ORCID); 3. Dados de contato de duas referências; 4. Carta de motivação. A análise das candidaturas terá início em 02/09/2026.

  Send to cepid-b3@iq.usp.br with the subject “Postdoc 1 – Bioinfo – CEPID B3”: (1) a cover letter describing your research experience and interests; (2) a full CV (or Lattes/ORCID link); (3) contact details of two references, and (4) a motivation letter. Review of applications will begin on September 2, 2026.