Bolsa de PD em Computação de Alto Desempenho / Dinâmica Molecular

Post-Doctoral Fellowship in High-Performance Computing / Molecular Dynamics

Nº: 4053

Área de conhecimento: Ciência da Computação

Field of knowledge: Computer science

Nº do processo FAPESP: 2013/08293-7

FAPESP process: 2013/08293-7

Título do projeto: Centro para Computação em Engenharia e Ciências (CCES) - CEPID FAPESP UNICAMP

Project title: Center for Computing in Engineering and Sciences (CCES) - RIDC FAPESP UNICAMP

Área de atuação: Computação de Alto Desempenho / Dinâmica Molecular

Working area: High-Performance Computing (HPC) / Molecular Dynamics

Quantidade de vagas: 1

Number of places: 1

Pesquisador principal: Munir Skaf

Principal investigator: Munir Skaf

Unidade/Instituição: IC/Unicamp

Unit/Instituition: IC/Unicamp

Data limite para inscrições: 30/03/2021

Deadline for submissions: 2021-03-30

Publicado em: 02/02/2021

Publishing date: 2021-02-02

Localização: R. Josué de Castro, s/n., caixa postal 6154, Cidade Universitária “Zeferino Vaz”, Barão Geraldo, Campinas

Locale: R. Josué de Castro, s/n., caixa postal 6154, Cidade Universitária “Zeferino Vaz”, Barão Geraldo, Campinas

E-mail para inscrições: guido@unicamp.br

E-mail for proposal submission: guido@unicamp.br

  • Resumo Summary

    Esta chamada do Centro para Computação em Engenharia e Ciências, um Centro de Pesquisa, Inovação e Difusão (CEPID) apoiado pela FAPESP e sediado pela Unicamp, busca pesquisadores interessados em trabalhar na paralelização de problemas de Dinâmica Molecular em Clusters de CPU-GPU de alto desempenho. Cálculos teóricos precisos para seção transversal de colisão (CCS) de grandes biomoléculas, como proteínas e agregados de proteínas, são altamente exigentes em termos computacionais. Cientistas do CCES criaram recentemente um código novo e muito eficiente para CCS (HPCCS) usando técnicas modernas de HPC, e paralelização em CPU/GPU. No entanto, o desempenho do HPCCS para agregados de proteínas muito grandes ainda é limitado. Este projeto propõe uma extensão do HPCCS usando um novo modelo de programação HPC, e novas estruturas de dados capazes de lidar com sistemas biomoleculares muito grandes.

    Duração da Bolsa:

    2 anos com possível extensão.

    Perfil:

    O candidato ideal para esta posição deve ter doutorado em Ciência da Computação / Engenharia, Engenharia Elétrica, Mecânica, Física ou Química, um bom histórico em Computação de Alto Desempenho (HPC) ou Programação Paralela, e fortes habilidades de programação em OpenMP, PThreads ou MPI. Conhecimento de Química Computacional e Dinâmica Molecular serão considerados ótimos diferenciais.

    Detalhes sobre a bolsa e inscrições estão no link abaixo:

    https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLScd5iuGJ80FeWh_OQx5gTWg36hSoS3LdM2eO6tG0cnTcvKX9g/viewform.

    A vaga está aberta a brasileiros e estrangeiros. O selecionado receberá Bolsa de Pós-Doutorado da FAPESP no valor de R$ 7.373,10 mensais e Reserva Técnica equivalente a 10% do valor anual da bolsa para atender a despesas imprevistas e diretamente relacionadas à atividade de pesquisa.

    The Center for Computing in Engineering and Sciences (CCES), a Research, Innovation and Dissemination Center (RIDC) supported by the São Paulo Research Foundation (FAPESP), is looking for researchers interested in working on the parallelization of Molecular Dynamics problems on High-Performance CPU-GPU Clusters. Accurate theoretical Collision Cross Section (CCS) calculations for large biomolecules such as proteins and protein aggregates are highly computationally demanding. Scientists at CCES have recently created a new and very efficient code for CCS (HPCCS) using HPC technology. Nevertheless, the use of HPCCS for very large protein assemblies is still limited. This project proposes an extension of HPCCS using a novel HPC programming model and data-structures to handle much larger biomolecular systems. The selected candidate will be based in the University of Campinas, state of São Paulo, Brazil. UNICAMP is CCES's host institution.

    Duration of the fellowship:

    2 years with possible extension.

    Requisites:

    The ideal candidate for this position should have a Ph.D. in Computer Science/Engineering, Electrical Engineering, Mechanics, Physics or Chemistry, a good background in High-Performance Computing (HPC) and Parallel Programming, and strong programming skills in OpenMP, PThreads, or MPI. Knowledge of Computational Chemistry and Molecular Dynamics will be considered a plus.

    Details about the scholarship and submissions can be found in the link below:

    https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLScd5iuGJ80FeWh_OQx5gTWg36hSoS3LdM2eO6tG0cnTcvKX9g/viewform.

    This opportunity is open to candidates of any nationalities. The selected candidate will receive a FAPESP’s Post-Doctoral fellowship in the amount of R$ 7,373.10 monthly and a research contingency fund, equivalent to 10% of the annual value of the fellowship which should be spent in items directly related to the research activity.