Bolsa de TT-V em Bioinformática

Level 5-Technical Training Fellowship in Bioinformatics

Nº: 4394

Área de conhecimento: Parasitologia

Field of knowledge: Parasitology

Nº do processo FAPESP: 2018/14398-0

FAPESP process: 2018/14398-0

Título do projeto: Centro Reino-Unido:Brazil para o estudo da leishmaniose (JCPiL) – análises computacionais de transcritomas e identificação de interações macromoleculares envolvendo proteínas, RNAs e DNA

Project title: UK:Brazil Joint Centre Partnership in Leishmaniasis (JCPiL)

Área de atuação: Bioinformática: genômica, transcritômica e correlatos

Working area: Bioinformatics: genomics, transcriptomics and related

Quantidade de vagas: 1

Number of places: 1

Pesquisador principal: Angela Kaysel Cruz

Principal investigator: Angela Kaysel Cruz

Unidade/Instituição: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, USP

Unit/Instituition: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, USP

Data limite para inscrições: 15/08/2021

Deadline for submissions: 2021-08-15

Publicado em: 21/07/2021

Publishing date: 2021-07-21

Localização: Av. Bandeirantes, 3900 (Prédio Central da Faculdade de Medicina – Campus da USP), Ribeirão Preto

Locale: Av. Bandeirantes, 3900 (Prédio Central da Faculdade de Medicina – Campus da USP), Ribeirão Preto

E-mail para inscrições: akcruz@fmrp.usp.br

E-mail for proposal submission: akcruz@fmrp.usp.br

  • Resumo

    O estudo proposto exige a integração de dados de análises da expressão gênica em diversos níveis pela análise fenotípica de mutantes do parasito gerados por genética reversa. Estas análises devem incluir transcritômica, proteômica ou ainda análises comparativas de complexos proteína:proteína, proteína:RNA ou proteína:DNA nos diferentes mutantes gerados. Os objetivos centrais são o desenvolvimento e a integração de ferramentas computacionais adequadas para a prospecção de dados sobre as linhagens de Leishmania nocaute para diferentes RNAs não codificadores de proteínas, mRNAs ou proteínas modificadas. Dados de transcritomas comparativos, gerados em larga escala, deverão ser analisados e armazenados, assim como dados que envolvam interações entre RNAs e proteínas ou proteínas e DNA deverão ser analisados por imunoprecipitação ou pulldown, ChIP ou RIP. Além disso, deverão ser organizados bancos de dados para armazenar os resultados obtidos pelas estratégias de larga escala, possibilitando a integração e busca dos dados.

    O candidato deve ter formação na área de computação ou bioinformática, ser experiente em programação, desenvolvimento de ferramentas, pipelines e bancos de dados para pesquisa em genômica/transcritômica e análises globais de interação.

    Mais detalhes sobre perfil e condições da Bolsa FAPESP TT-V em https://fapesp.br/3098 e https://fapesp/3162.