Bolsa de TT-V em Bioinformática e Ciência da Computação

Level 5-Technical Training Fellowship in Bioinformatics and Computer Science

Nº: 4322

Área de conhecimento: Ciência da Computação

Field of knowledge: Computer science

Nº do processo FAPESP: 2014/50921-8

FAPESP process: 2014/50921-8

Título do projeto: Otimização e gerenciamento da plataforma SUCEST-FUN

Project title: Optimization and Management of SUCEST-FUN Platform

Área de atuação: Bioinformática/Ciência da Computação

Working area: Bioinformatics / Computer Science

Quantidade de vagas: 1

Number of places: 1

Pesquisador principal: Glaucia Mendes Souza

Principal investigator: Glaucia Mendes Souza

Unidade/Instituição: Instituto de Química – USP

Unit/Instituition: Instituto de Química – USP

Data limite para inscrições: 30/06/2021

Deadline for submissions: 2021-06-30

Publicado em: 10/06/2021

Publishing date: 2021-06-10

Localização: Av. Prof. Lineu Prestes, 748, Cidade Universitária., São Paulo

Locale: Av. Prof. Lineu Prestes, 748, Cidade Universitária., São Paulo

E-mail para inscrições: glmsouza@iq.usp.br

E-mail for proposal submission: glmsouza@iq.usp.br

  • Resumo

    O Laboratório de Transdução de Sinal do Instituto de Química da USP realiza estudos de Biologia de Sistemas com a cana-de-açúcar e para isso produz e analisa dados de genômica, transcriptômica e metabolômica dessa gramínea, os quais estão armazenados no SucestFunDB (http://sucest-fun.org/wsapp). Sigla para “Sugarcane Functional Genomics Database”, trata-se de uma plataforma desenvolvida em java, integrativa e colaborativa que utiliza ferramentas in house e open source.

    O projeto tem como objetivo principal a análise comparativa de genomas de espécies ancestrais e cultivares, ampliando o conhecimento e identificações de genes, regiões promotoras e elementos regulatórios. Como atividades essenciais, serão necessárias a implementação de novas ferramentas para a plataforma do Sucest-FunDB, além de estabelecer metodologias para análise e visualização integrativa genômica, transcriptômica e metabolômica, associando anotações funcionais de ontologia de genes, vias de sinalização, entre outros, para inferência de novas relações e insights biológicos. Espera-se que o bolsista possa manter e gerenciar o GenomeBrowser do genoma da cana-de-açúcar.

    Requisitos mínimos:

    • Conhecimentos em métodos de Bioinformática, Ciência da Computação e Estatística;

    • Experiência em análises de genômica comparativa;

    • Conhecimentos avançado em linguagem Java, JavaWeb e R;

    • Experiência em modelagem de Bancos de Dados e linguagem SQL;

    • Inglês intermediário.

    Mais informações sobre requisitos e benefícios da Bolsa FAPESP TT-V estão em https://fapesp.br/3098 e https://fapesp.br/3162.