Bolsa de PD em Bioinformática

Post-Doctoral Fellowship in Bioinformatics

• Atividades e contexto Activities and context

  O(A) profissional integrará um programa de pesquisa voltado à investigação dos mecanismos de regulação da resposta imune na sepse, com ênfase na comunicação neuroimune e entre órgãos.

  The fellow will contribute to a research program investigating the mechanisms of immune regulation in sepsis, with a focus on neuroimmune and interorgan communication.

• Requisitos obrigatórios Mandatory requirements

  O(A) candidato(a) selecionado(a) deverá possuir:

  - Ampla experiência em bioinformática, incluindo a análise de conjuntos de dados de alto desempenho (high-throughput) provenientes de sequenciamento em massa (bulk) e de célula única (single-cell);

  - Doutorado em Bioinformática, Biologia Computacional ou área correlata;

  - Sólida experiência em bioinformática e análise de dados de sequenciamento de nova geração (Next-Generation Sequencing – NGS);

  - Proficiência em linguagens de programação, como R e/ou Python;

  - Experiência com ferramentas e plataformas amplamente utilizadas em bioinformática, como Seurat, Scanpy, SCENIC/SCENIC+ e GENIE3;

  - Histórico comprovado de publicações em periódicos científicos revisados por pares;

  - Excelente capacidade de comunicação em inglês;

  - Capacidade de trabalhar de forma independente e também em ambiente colaborativo.

  The successful candidate will have:

  • Extensive experience with bioinformatics (the analysis of bulk and single-cell high-throughput datasets);

  • PhD in Bioinformatics, Computational Biology, or a related field;

  • Strong experience in bioinformatics and analysis of next-generation sequencing data;

  • Proficiency in programming languages such as R and/or Python;

  • Experience with widely used bioinformatics tools and frameworks (e.g., Seurat, Scanpy, SCENIC/SCENIC+, GENIE3);

  • Demonstrated publication record in peer-reviewed journals;

  • Excellent communication skills in English;

  • Ability to work independently and in a collaborative environment.

• Requisitos desejáveis Desirable requirements

  - Experiência em análise de dados de ômicas de célula única (single-cell omics);

  - Familiaridade com análises estatísticas, modelagem e abordagens de aprendizado de máquina, aliada a sólidas habilidades em otimização computacional de métodos;

  - Experiência no processamento e análise de conjuntos de dados em larga escala e em ambientes de computação de alto desempenho (High-Performance Computing – HPC);

  - Conhecimentos em imunologia são desejáveis;

  - Também é desejável que o(a) candidato(a) tenha interesse na modelagem de redes regulatórias gênicas, sob a perspectiva de aprendizado de máquina e teoria da informação.

  • Experience with single-cell omics data analysis;

  • Familiarity with statistical analyses and modeling as well as machine learning approaches, supported with strong skills in computational optimization of methods;

  • Experience working with large-scale datasets and high-performance computing environments;

  • A reasonable knowledge of immunology is also desirable;

  • It is also desirable for the candidate to have a strong interest in modeling gene regulatory networks, from a machine learning and information theory perspective.

• Como se candidatar How to apply

  Os(As) candidatos(as) deverão enviar: (1) currículo; (2) carta de apresentação descrevendo sua experiência em pesquisa e seus interesses científicos; e (3) informações de contato de duas referências. As candidaturas deverão ser enviadas por e-mail ao Prof. Alexandre Steiner (asteiner@usp.br). A análise das candidaturas terá início imediatamente e continuará até que a vaga seja preenchida.

  Applicants should submit: (1) Curriculum Vitae; (2) Cover letter describing research experience and interests; and (3) Contact information for two references. Applications should be sent to Prof. Alexandre Steiner by e-mail (asteiner@usp.br). Review of applications will begin immediately and will continue until the position is filled.