Bolsa de TT-V em Bioinformática em Microbioma de Plantas

Level 5-Technical Training Fellowship in Bioinformatics in Plant Microbiome

Nº: 3035

Área de conhecimento: Microbiologia

Field of knowledge: Microbiology

Nº do processo FAPESP: 2016/23218-0

FAPESP process: 2016/23218-0

Título do projeto: Centro de Pesquisa em Genômica para Mudanças Climáticas – GCCRC

Project title: Genomics for Climate Change Research Center – GCCRC

Área de atuação: Bioinformática em Microbioma de Plantas

Working area: Bioinformatics in Plant Microbiome

Quantidade de vagas: 1

Number of places: 1

Pesquisador principal: Paulo Arruda

Principal investigator: Paulo Arruda

Unidade/Instituição: CBMEG/Unicamp

Unit/Instituition: CBMEG/Unicamp

Data limite para inscrições: 13/09/2019

Deadline for submissions: 2019-09-13

Publicado em: 23/07/2019

Publishing date: 2019-07-23

Localização: Av. Cândido Rondon, 400 – Cidade Universitária, Campinas

Locale: Av. Cândido Rondon, 400 – Cidade Universitária, Campinas

E-mail para inscrições: vagas.gccrc@unicamp.br

E-mail for proposal submission: vagas.gccrc@unicamp.br

  • Resumo Summary

    O Centro de Pesquisa em Genômica para Mudanças Climáticas (GCCRC) é uma iniciativa de pesquisa conjunta entre a Embrapa e a Unicamp, financiada pela FAPESP, que visa a adaptação de culturas agrícolas a estresses impostos por mudança climática global. Seu objetivo principal é o uso de uma plataforma de biotecnologia para identificar microrganismos e genes-chave envolvidos em respostas de estresse e rendimento para incorporá-los em germoplasmas de elite.

    A plataforma GCCRC usa estratégias como a modificação do genoma e as ciências dos microbiomas em uma infraestrutura de última geração que incorpora tecnologias de “omics”, bioinformática, descoberta de genes, transformação de plantas, edição de genoma, fenotipagem, propriedade intelectual, questões regulatórias e ensaios de campo. O GCCRC também envolve uma forte rede internacional de colaboradores, incluindo parceiros acadêmicos e privados. 

    Sobre a vaga

    Para alcançar seus objetivos, o GCCRC está procurando um candidato entusiasmado e talentoso para uma bolsa de treinamento técnico nível cinco (TT-V) da FAPESP a ser executada em pesquisas na área de microbioma de plantas envolvendo análise de dados de comunidades microbianas associadas a plantas. Trabalhando em conjunto com o time de pesquisa, o candidato terá oportunidade de desenvolver pipelines de análise focados na descoberta de novos microrganismos, genes e vias com aplicações em sistemas agrícolas. A atividade do candidato envolverá a análise de comunidades microbianas por meio de sequenciamento de genes 16S/ITS, metagenoma, montagem e anotação de genomas microbianos e análise de transcriptomas. Candidatos com curiosidade e vontade de aprender terão inúmeras oportunidades para exercê-las e chance de participar ativamente de um pipeline de pesquisa avançado em microbioma de plantas. 

    Qualificações esperadas

    • Graduado em Biologia, Bioquímica, Farmácia, Biotecnologia, Computação ou campos relacionados;
    • Desejável pós-graduação com experiência em análise de dados de bioinformática;
    • Conhecimento de pipelines de análise de dados de sequenciamento de 16S/ITS, montagem de genomas microbioanos e metagenomas;
    • Habilidades de programação (Perl, Python, Java, R, etc.) e experiência em Linux/Unix;
    • Análise de dados “ômicos” (genômica, metagenômica, transcriptômica, metabolômica, etc.).

    Para se aplicar a vaga, o candidato deve enviar o currículo vitae e uma carta de apresentação para o email vagas.gccrc@unicamp.br com o assunto “TT-V em Microbioma de Plantas”. 

    The Genomics for Climate Change Research Center (GCCRC) is a joint research initiative between the Brazilian Agricultural Research Corporation (EMBRAPA) and the University of Campinas (UNICAMP), funded by the São Paulo Research Foundation (FAPESP), aimed at adapting agricultural crops to stresses imposed by global climate change. Its main goal is to use a biotechnology platform to identify microorganisms and key genes involved in stress and yield responses to incorporate them into elite germplasm.

    The GCCRC platform uses strategies such as microbiome and genome editing in a state-of-the-art infrastructure that incorporates “omics” technologies, bioinformatics, gene discovery, plant transformation, genome editing, phenotyping, intellectual property, regulatory issues and field trials. The GCCRC also involves a strong international network of collaborators, including academic and private partners. 

    The scholarship

    The GCCRC is looking for an enthusiastic and talented candidate for a FAPESP Technical Training (Level 5) in the research area of plant microbiome involving analysis of data from microbial communities associated with plants. The candidate will work together with the research team to develop advanced pipelines focused on discovering new microorganisms, genes and pathways with application in agricultural systems. The activities will involve analysis of microbial communities through sequencing of 16S/ITS genes, metagenome, assembling and annotation of microbial genomes and analysis of transcripts. Candidates with curiosity and willingness to learn will have several opportunities to actively participate in an advanced pipeline of plant microbiome research. 

    Expected qualifications

    • Bachelor’s in Biology, Biochemistry, Pharmacy, Biotechnology, Computer Science or related fields;
    • Desirable postgraduate degree with experience in analyzing bioinformatics data;
    • Experience with analysis of 16S/ITS sequencing data, assembly of microbial genomes and metagenomes;
    • Programming skills (Perl, Python, R, Java, etc.) and experience with Linux / Unix environment;
    • A strong track record in “omics” data analysis (genomics, metagenomics, transcriptomics, metabolomics, etc.). 

    To apply for this scholarship position, the candidate must send a curriculum vitae and a cover letter to vagas.gccrc@unicamp.br with the subject “TT-V Bioinformatics in Plant Microbiome”.