Bolsa de PD em Genômica Populacional

Post doctoral fellowship in Population Genomics

Nº: 811

Área de conhecimento: Botânica

Field of knowledge: Botany

Nº do processo FAPESP: 2014/18002-2

FAPESP process: 2014/18002-2

Título do projeto: Sapindales: filogenia e diversificação na região neotropical

Project title: Sapindales: phylogeny and diversification in the Neotropical region

Área de atuação: Genômica Populacional

Working area: Population Genomics

Pesquisador principal: Pedro Dias

Principal investigator: Pedro Dias

Unidade/Instituição: Escola de Artes, Ciências e Humanidades / Universidade de São Paulo

Unit/Instituition: Escola de Artes, Ciências e Humanidades / Universidade de São Paulo

Data limite para inscrições: 11/06/2015

Deadline for submissions: 2015-06-11

Publicado em: 14/04/2015

Publishing date: 2015-04-14

Localização: Escola de Artes, Ciências e Humanidades, São Paulo

Locale: Escola de Artes, Ciências e Humanidades, São Paulo

  • Resumo Summary

    Estão abertas as inscrições para uma vaga de pós-doutorado (dois anos) em Genômica Populacional, na Escola de Artes, Ciências e Humanidades da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brasil.

    1. Informações gerais 
    1.1.
    Projeto temático: Sapindales: filogenia e diversificação na região neotropical (FAPESP: 14/18002-2).
    1.2. Sub-disciplina: Genômica populacional.
    1.3. Pesquisadores principais: José Rubens Pirani e Pedro Dias.
    1.4. Supervisor para este projeto: Pedro Dias.
    1.5. Instituição/Departmento: Universidade de São Paulo / Escola de Artes, Ciências e Humanidades.
    1.6. Bolsa: R$ 6.143,40 por mês.
    1.7. Reserva técnica de bolsa: destina-se à utilização em atividades desenvolvidas pelo bolsista, estritamente relacionadas com o projeto de pesquisa da bolsa, no período de vigência da mesma. O valor adicional é equivalente a 15% do valor anual da bolsa. 
    1.8. Data limite para inscrição: 11 de junho de 2015.

    2. Descrição do projeto
    Genômica populacional de Pilocarpus spp. (Rutaceae). O gênero Pilocarpus Vahl possui 17 espécies e sua distribuição é restrita à região neotropical. Economicamente, o gênero se destaca por ser a única fonte natural do alcalóide pilocarpina, bastante utilizado pela indústria farmacêutica para o tratamento de glaucoma. 

    Neste projeto serão estudadas as quatro espécies exploradas comercialmente e que também são estritamente relacionadas: P. alatus, P. jaborandi, P. microphyllus e P. trachylophus.

    Este projeto fará uso das recentes tecnologias de sequenciamento desenvolvidas pela Illumina e da técnica RAD-seq. 

    3. Atividades 
    A bolsa faz parte de um projeto de pesquisa financiado pela FAPESP (2014/18002-2), o qual possui como instituição-sede a Universidade de São Paulo, sobre a filogenia e a diversificação das Sapindales na região neotropical. 

    As atividades a serem desenvolvidas incluem a manipulação de DNA (incluindo preparação e otimização de bibliotecas), o uso de programas para análise de qualidade das sequências, pipelines e scripts desenvolvidos por usuários (tanto em R como em Perl) e análises genômicas populacionais.
     
    O bolsista também ajudará na orientação de alunos (especialmente pós-graduação) e na escrita de manuscritos e propostas para financiamento por agências de fomento. 

    As atividades serão realizadas na Escola de Artes, Ciências e Humanidades da Universidade de São Paulo, São Paulo-SP, Brasil. 

    4. Requisitos
    Para concorrer à vaga, o candidato precisa: 
    4.1. Ter título de doutor em Genômica / Genética / Bioinformática / Biologia Evolutiva ou áreas correlatas. O título não pode ter sido obtido há mais de três anos da data limite para inscrição.
    4.2. Ter publicação em genômica e/ou (filo)genética e/ou filogeografia. 
    4.3. Ter inglês fluente (fala e escrita) e disponibilidade para viajar para fora do país e desenvolver atividades em laboratório parceiros. 
    4.4. Ter experiência com preparação de bibliotecas para Illumina; manuseio de dados genômicos (treinamento prévio em montagem e anotação de genomas será considerado diferencial) e software (ex.: FastQC, IGV, SPAdes, STACKS); uso de scripts desenvolvidos por usuários (habilidades básicas de programação em, por exemplo, Perl, Python ou R serão consideradas diferenciais) e comandos básicos de shell. Linux é obrigatório. 
    4.5. Ter disponibilidade para iniciar as atividades tão logo a FAPESP aprove a seleção.
    * É vetada a inscrição de candidatos aposentados.

    5. Critérios para seleção
    Dentre os candidatos com inscrição aprovada, a seleção será feita de acordo com o mérito científico dos candidatos, a qualidade da tese de doutorado, habilidades pessoais, a intimidade do candidato com áreas de interesse para o projeto, habilidade de falar e escrever em inglês, habilidade analítica, criatividade, iniciativa, independência, trabalho em grupo e disposição para colaborações. 

    Conhecimento de teorias e métodos relevantes (sequenciamento de nova geração, montagem de genoma e análises filo/biogeográficas) será considerado forte diferencial. Experiência com trabalho de campo será considerada como habilidade adicional. 

    Omissões neste edital serão resolvidas pelos pesquisadores principais do projeto temático, levando em conta as regras da FAPESP (www.fapesp.br/en/5427).

    6. Mais informações 
    Por favor, contacte Pedro Dias (pdias@usp.br) ou José R. Pirani (pirani@usp.br).
     
    7. Documentação
    A ser encaminhada para se candidatar (somente pdf):
    7.1. Carta de intenção, com apresentação pessoal, de no máximo uma página A4, com as razões que fizeram você se inscrever.
    7.2. Curriculum vitae com lista de publicações (por favor, inclua os links DOI).
    7.3. Cópia de três publicações selecionadas. Cópia da tese de doutorado e do título de doutor ou ainda uma declaração com a data em que a tese será defendida (até 30 de setembro de 2015). 
    7.4. Fornecer nomes de duas referências pessoais que possam emitir juízo sobre você (com endereços de e-mail).
     
    Por favor, envie sua documentação (para inscrição) por e-mail (em formato PDF), marcada com "FAPESP 2014/18002-2 - PD3 - population genomics" no campo assunto, para pdias@usp.br e pirani@usp.br até o dia 11 de junho de 2015. 

    A análise da documentação e a seleção serão realizadas no dia 12 de junho de 2015, mas é possível que a data limite seja estendida até que a vaga seja preenchida. A divulgação dos resultados só poderá ser feita após a aprovaçao da FAPESP.

    A two-year postdoctoral position in Population Genomics is available at the School of Arts, Sciences and Humanities, University of São Paulo, Brazil.

    1. General information
    1.1.
    Grant: Sapindales: phylogeny and diversification in the neotropical region (FAPESP: 14/18002-2).
    1.2. Project sub-discipline: Population genomics.
    1.3. Principal investigators: José Rubens Pirani and Pedro Dias. 
    1.4. Supervisor for this project: Pedro Dias. 
    1.5. Institution/Department: University of São Paulo / School of Arts, Sciences and Humanities.
    1.6. Fellowship: R$ 6.143,40 per month (about US$ 2,134.00 - there are no taxes on fellowships in Brazil).
    1.7. Research contingency funds: intended for use in activities developed by the fellowship holder, strictly related to the fellowship research project, during the term of the fellowship. The additional funds are equivalent to 15 per cent of the annual value of the fellowship.
    1.8. Deadline for application: June 11, 2015. 

    2. Project description
    Population genomics of Pilocarpus spp. (Rutaceae). The genus Pilocarpus Vahl has 17 species and its distribution is restricted to the Neotropics. Economically, it is noteworthy by being the only natural source of the alkaloid pilocarpine, which is the key element commercialised by the pharmaceutical industry for glaucoma treatment. 

    This project will focus on the four closely related, commercially exploited, and pilocarpine-producing species: P. alatus, P. jaborandi, P. microphyllus and P. trachylophus. This project will use Illumina sequencing technology and the RAD-seq technique. 

    3. Tasks
    The position is part of a research project supported by FAPESP (2014/18002-2) at University of São Paulo, on the phylogeny and diversification of the Sapindales in the Neotropical region. 

    The work includes DNA labwork (including library preparation and optimization), use of standard software for quality control, pipelines and user-developed scripts (in both R and Perl), and population genomic analyses. 

    The fellow will also help with supervision of student projects, article- and grant writing. The labwork will be conducted at the School of Arts, Sciences and Humanities, University of São Paulo, in São Paulo. 

    4. Qualifications
    To be qualified for the postdoctoral position the applicant should have: 
    4.1. PhD degree in Genomics / Genetics / Bioiformatics / Phylogenetics / Evolutionary Biology or similar direction of studies. The PhD degree should have been received no more than three years before the deadline for applications. 
    4.2. Publication record in genomics and/or (phylo)genetics and/or phylogeography. 
    4.3. Fluent English and availability to spend sometime abroad/partner labs. 
    4.4. Experience with Illumina library preparation; handling genomic data (previous training in genome assembly and annotation will be a plus) and software (e.g., FastQC, IGV, SPAdes, STACKS); using user-developed scripts (basic programing skills in, e.g., Perl, Python or R will be a plus), and basic shell commands. Linux OS is mandatory. 
    4.5. Availability to initiate working on the project as soon as FAPESP finishes documentation checking and approves the application. 
    * Retired candidates are not allowed. 

    5. Criteria for selection 
    Among qualified applicants, selection is made according to scientific merits, quality of the PhD dissertation, personal skills, the applicant's documented knowledge in subjects of relevance for the research area, ability to master English language (both spoken and written), analytical ability, creativity, initiative, independence, teamwork and ability to cooperate. 

    Previous knowledge of relevant theory and methods (next-generation sequencing, genome assembly, and phylo/biogeographic analyses) weigh heavily. Experience with botanical fieldwork work is considered as additional qualification. 

    Omissions in this announcement will be decided by the PIs of the FAPESP grant, safeguarding the rules established by FAPESP (www.fapesp.br/en/5427). 

    6. More information
    Please contact Pedro Dias (pdias@usp.br) or José R. Pirani (pirani@usp.br). 

    7. Documentation
    To be included in the application (pdf format only):
    7.1. Maximum one A4-page of personal presentation and your reasons for applying (letter of intent).
    7.2. Curriculum vitae with publication list (please include DOI links).
    7.3. Copy of three selected publications. Copy of PhD dissertation and PhD degree certificate or date of scheduled defense (until September 30, 2015).
    7.4. A list of two persons who may act as references (with e-mail addresses). 

    Please send your application, marked with "FAPESP 2014/18002-2 - PD3 - population genomics" in the subject field, to both pdias@usp.br and pirani@usp.br no later than June 11, 2015. 

    Applications will be reviewed on June 12, 2015, but are also considered after this date until the position is filled. Results will be announced after FAPESP's approval only.