Os pesquisadores apoiados por bolsas ou auxílios da FAPESP são incentivados pela Fundação a desenvolver colaborações internacionais através dos seguintes instrumentos institucionais:
1) A maioria dos auxílios e bolsas concedidos pela FAPESP incluem recursos que podem ser utilizados, a critério do Pesquisador Responsável e de acordo com as regras da FAPESP, para a colaboração internacional na pesquisa.
2) A modalidade FAPESP de “Auxílio à Pesquisa - Pesquisador Visitante” concede apoio para pesquisadores estrangeiros, selecionados através de um sistema de revisão por pares. Em 2011, de um total de 243 propostas avaliadas, 199 foram financiadas. Estes auxílios abrangem salários e despesas de viagem para cientistas estrangeiros visitando colegas em instituições de ensino superior ou de pesquisa no Estado de São Paulo, por períodos de duas semanas a um ano.
3) Através da modalidade “Bolsas de Pesquisa no Exterior” (BPE), a FAPESP financia pesquisadores associados a instituições de ensino superior ou de pesquisa no Estado de São Paulo para estadias de um mês a um ano em instituições de pesquisa no exterior, bem qualificadas. O financiamento abrange bolsas e despesas de viagem. Em 2011 a FAPESP avaliou 255 propostas e aprovou 178.
4) O Programa “Escola São Paulo de Ciência Avançada” (ESPCA) apoia a organização de escolas de curta duração (1 a 3 semanas) visando recentes avanços científicos, organizadas em instituições de ensino superior ou de pesquisa no Estado de São Paulo. Normalmente, cada ESPCA reúne entre 50 e 150 doutorandos e jovens pós-doutores, metade estrangeiros, e de 7 a 20 eminentes palestrantes brasileiros e estrangeiros. Em 2010 e 2011 a FAPESP apoiou, respectivamente, 7 e 13 ”Escolas”.
5) Através da modalidade dos “Bolsa Estágio de Pesquisa no Exterior” (BEPE), a FAPESP oferece a todos os seus bolsistas no Estado de São Paulo a oportunidade de passar de 4 a 12 meses como estagiários de pesquisa em destacados centros estrangeiros, trabalhando em um tema associado ao projeto de pesquisa no qual o candidato está inserido em São Paulo. Esta ação teve início em outubro de 2011 e 87 candidatos foram contemplados até o final daquele ano.
6) Além dessas ações, a FAPESP conta com um grande número de acordos com agências de fomento, instituições de pesquisa e empresas estrangeiras, para selecionar e cofinanciar pesquisas colaborativas. As oportunidades de financiamento relacionadas a cada um destes acordos são anunciadas no site da FAPESP (www.fapesp.br/en/5399). De um modo geral, os acordos são de dois tipos:
a) Acordos oferecendo financiamento inicial (“seed fund”), principalmente para intercâmbio de pesquisadores e estudantes e para pequenos seminários. Neste caso, o parceiro estrangeiro é geralmente uma universidade ou uma instituição de pesquisa. Ao final de 2011 havia 7 acordos vigentes deste tipo.
b) Acordos que oferecem financiamento pleno para projetos de pesquisa selecionados em conjunto pela FAPESP e pela agência ou empresa parceira. Neste caso, o parceiro estrangeiro é geralmente uma agência de fomento ou um laboratório industrial de pesquisa. Ao final de 2011 havia 26 acordos deste tipo.